南方红豆杉种子经过去种皮后，立即进行沙存处理。南方红豆杉种沙床制作很重要，沙存用沙以河沙为好，因其少杂质及细菌、杂菌。河沙选细沙为好，用筛子筛过后用砖头围成四方，高度20至40cm，长宽视种子多少而定。一层细沙一层种子，底沙为20cm，铺好最后一层种子后再铺一层厚点的沙子，防止干燥，影响种子湿度。种子层积贮存有利于种子内部休眠，从而增强种子发芽势。在层积过程中要在最上面铺一层茅草覆盖，稻草容易发霉一般不采用。在18～24个月管理中应注意保持沙子的湿度和温度，湿度简单检测方法为抓一团沙，抓起成团，放后能散，指间不滴水为宜。过干影响种子体内水分，过湿会烂种。冬天要用塑料薄膜盖好，夏天不能过热，太热时要去掉薄膜保持一定温度、湿度。要经常检查种子的温度、湿度，防止过干过湿和过高温度。在贮存层积过程中要防止老鼠危害，以免造成不必要的损失。