按摩师资格证书的发放部门通常是由国家或地区的相关政府部门或者行业协会负责，在中国，按摩师资格证书的发放主要由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）及其授权的职业技能鉴定指导中心执行。

按摩师职业属于健康服务业的一部分，其专业性和技术性要求较高，为了保证公众的健康权益和行业的规范化发展，政府对按摩师实行了职业资格制度，这种制度旨在通过严格的培训、考核和认证，提升从业人员的专业素养和服务质量。

具体流程是，学员在经过专业的按摩技能培训后，需参加由职业技能鉴定指导中心组织的理论知识考试和操作技能考核，考试内容涵盖人体解剖学、生理学、病理学、按摩手法技巧等多个方面，以全面评估学员的专业能力和实际操作水平，只有当理论与实践两部分都达到合格标准，才能获得按摩师职业资格证书。

一些地方性的按摩行业协会也会参与按摩师资格的认定工作，他们往往结合本地行业特点，提供更贴近市场需求的培训和考核，确保按摩师具备与时俱进的服务能力，这些协会颁发的资格证书虽然不是法定的全国通用证书，但在行业内也有很高的认可度。

按摩师资格证书的发放部门体现了政府监管与行业自律的双重机制，既维护了公共利益，又推动了行业的健康发展，对于个人而言，获取按摩师资格证书不仅是对自己专业技能的肯定，也是提升就业竞争力的重要凭证，对于社会而言，这有助于建立一支高素质的按摩服务队伍，满足人民群众日益增长的健康需求。