按摩师证和理疗师证在行业内有所不同，两者的性质不同，按摩师证是针对个体进行健康按摩的专业资格证书，而理疗师证则主要面向团体和个人提供康复、保健等服务的专业资格证书。

两者的工作内容也有所不同，按摩师通常通过特定的技巧和手法为顾客提供身体护理服务，如肩颈推拿、面部按摩、穴位按摩等，而理疗师则更注重人体的整体平衡与和谐，他们会根据病人的具体状况，制定个性化的康复计划，并使用各种理疗仪器和技术进行治疗。

两者的学习和申请流程也有所区别，按摩师证需要经过专业的培训和考核才能获得，其申请过程相对较为简单，而理疗师证则需要取得相关的职业资格证书后，再通过专业考试才能获得，其申请过程则更为复杂和严格。

虽然按摩师证和理疗师证都是证明个人或机构具有相应专业技能的证件，但在性质、工作内容以及学习和申请流程等方面存在较大的差异。